Calibration Error Mismatch in the CFITSIO_SONAME

[pauledd]

Hallo,

Habe gerade ein neues System aufgesetzt und Theli installiert und wollte mal ein paar frische Daten durchlaufen lassen.
Ich komme aber nicht durch die Calibration wegen eines Fehlers:

Processing BIASes ...
Processing DARKs ...
Processing FLATs ...
Measuring gain ratios ...
Normalising FLAT ...
Calibrating data ...
ERROR (line 1402): Showing you the log ...

Da ist nichts weiter zu finden, allerdings woanders in der .theli/scripts/theli_cal_comm.sh.log:

Code: Alles auswählen

...
+ MD5KEY=
+ '[' _A '!=' _A ']'
+ /home/paul/astro/apps/THELI/theli//bin/Linux_64//fitsaddkey -i /mnt/store/astro/ekos/theli/m45//bias/bias_1.fits -k EXPTIME -v 0.00

ERROR: Mismatch in the CFITSIO_SONAME value in the fitsio.h include file
that was used to build the CFITSIO library, and the value in the include file
that was used when compiling the application program:
   Version used to build the CFITSIO library   = 2
   Version included by the application program = 5

Fix this by recompiling and then relinking this application program
with the CFITSIO library.
ERROR: File /mnt/store/astro/ekos/theli/m45//bias/bias_1.fits does not exist, cannot be read, or is no FITS file!
+ '[' /mnt/store/astro/ekos/theli/m45//bias '!=' /mnt/store/astro/ekos/theli/m45//bias ']'
+ rm -f //mnt/store/astro/ekos/theli/m45//bias/m45test1_Bias_001_1OC.fits //mnt/store/astro/ekos/theli/m45//bias/m45test1_Bias_002_1OC.fits //mnt/store/ast$
+ '[' /mnt/store/astro/ekos/theli/m45//bias '!=' /mnt/store/astro/ekos/theli/m45//bias ']'
...


Anscheinend hat es etwas mit der cfitsio library zu tun. Auf meinem System (gentoo) war die Version 3.360
installiert. Da das nicht die neuste ist habe ich manuell die neuste 3.410 installiert (prefix=/usr).

In meiner /usr/include/fitsio.h steht:

Code: Alles auswählen

#ifndef _FITSIO_H
#define _FITSIO_H

#define CFITSIO_VERSION 3.41
#define CFITSIO_MINOR 41
#define CFITSIO_MAJOR 3
#define CFITSIO_SONAME 5


Also theli+gui gelöscht und nochmal compiliert, trotzdem selber Fehler.
Hat jemand eine Idee dazu?

[pauledd]

Problem behoben. Nachdem ich diverse cfitsio Versionen durchprobiert habe schein die Version 3.39 die richtige zu sein.
Nach der Installation enthielt die Datei fitsio.h dann auch

Code: Alles auswählen

#define CFITSIO_SONAME 5


Warum theli gerade dieses "SONAME 5" braucht... keine Ahnung aber evtl. wäre ein Hinweis auf die korrekte benötigte cfitsio Version in den "Software pre-requisites" sinnvoll

Wie sich das jetzt auf alle anderen Abhängigkeiten in meinem System auswirkt wird sich noch zeigen da ich fürchte einige Apps brauchen die neuere cfitsio Version.

[mischa]

Hi,

das ist mir voellig neu, und das sollte so auch nicht auftreten.
Das sieht nach einem Versionskonflikt aus, verschiedene Bibliotheken wurden dann gegen verschiedene cfitsio Versionen gelinkt / compiliert.
Vielleicht betrifft das auch CCfits, ich weiss nicht wie du das installiert hast.

Eventuell hast du mal Zeit nach /usr zu gehen, und dort folgendes einzugeben:

find . -name 'fitsio*'

mischa

[pauledd]

Kein Problem:

Code: Alles auswählen

paul@Gummi /usr $ find . -name 'fitsio*'
./share/doc/cfitsio-3.39/fitsio.doc.bz2
./include/fitsio.h
./include/fitsio2.h
./include/astrometry/fitsioutils.h
./local/astrometry/include/astrometry/fitsioutils.h


Naja wie gesagt es geht jetzt, allerdings kämpfe ich nun wieder mit etwas anderem, die scamp binary ist wieder gegen eine uralt plplot version gelinkt. Jetz baue ich erstmal scamp und um damit das klappt muss ich erstmal atlas bauen das schon seit 2 Stunden compiliert... Aber das ist wieder ne andere baustelle. Wie gesagt, Theli zum laufen zu bekommen ist jedes mal eine Tagesaufgabe

[pauledd]

Ich bin jetzt wieder auf die neuste cfitsio und habe penibel alle Abhängigkeiten neu comiliert (unter anderem auch ccfits) und siehe da, keine Probleme.

[mischa]

super, dann ist die welt wieder in ordnung fuer mich!

mischa

[schubi]

Hallo Thelianer,
ich hänge hier an derselben Klippe.
Ich benutze hier Ubuntu 16.04 LTS 64 Bit. Theli 1.9.5 und GUI 2.10.4.
Sowohl Theli wie auch die GUI habe ich mehrfach ohne Fehlermeldung kompiliert.

Code: Alles auswählen

sudo apt-get update
sudo apt-get install slang-cfitsio

habe ich ausgeführt.
War das die richtige fitsio ?

bei den Vorgängerversionen wurde die log Datei angezeigt. jetzt nicht mehr. Muss dazu Emacs installiert sein ?

Ich bin seit einigen Stunden für jeden Rat dankbar.

beste Grüße

Christian

[mischa]

Hi Christian,

von slang-cfitsio habe ich noch nie was gehoert.
Wenn du ueber aptitude installierst, solltest du die Pakete "libcfitsio-dev" und "libccfits-dev" verwenden.

mischa

[schubi]

Hallo Mischa,
danke für die antwort und die Anregung zur weiteren Suche.

ich habe hier auf meinem Rechner die libcfitsio-dev Version 3.370-5 und die libccfits-dev Version 2.4+dfsg-5 installiert.
Ich war froh dass die Kompilierungsläufe ohne Fehlermeldungen durchgelaufen sind.

Code: Alles auswählen

xfits_1OFC.fits _1OFC.fits
+ BASE=M17__-001_fixfits
+ /home/schubi/THELI/theli//bin/Linux_64//fitsdemosaicbayer -i /home/schubi/REDU/Frames/20170527_M17//Lights_Processed/M17__-001_fixfits_1OFC.fits -p RGGB -q 2

ERROR: Mismatch in the CFITSIO_SONAME value in the fitsio.h include file
that was used to build the CFITSIO library, and the value in the include file
that was used when compiling the application program:
   Version used to build the CFITSIO library   = 2
   Version included by the application program = 5

Fix this by recompiling and then relinking this application program
with the CFITSIO library.

Dann stiess ich bei der Kalibirierung auf die für diesen Thread auslösende Fehlermeldung.

Die Library fand ich als Suchergebnis nach einer passenden Version der Library.
Zur Slang-cfitsio habe ich als Versionsangabe 0.3.8+nosvn-5 gefunden. Als Beschreibung fand ich "read and write FITS files from S-Lang."

Hier ein Link zur WebSite space.mit.edu / cxc / software / slang / modules / cfitsio / 


Wie weiter verfahren ?
Ich nehme an dass es besser ist die Slang Version zu entfernen.
Verzeichnis tehli und Verzeichnis gui-2.10.4 löschen und dann den Installationsprozess wiederholen ?

beste Grüße nach Chile

Christian

[schubi]

Hallo Mischa,
wie oben angekündigt habe ich die vorhandene Installation von Theli und der GUI gelöscht und beide Pakete kompiliert.
Auf dem Rechner sind libcfitsio-dev Version 3.370-5 und die libccfits-dev Version 2.4+dfsg-5 installiert.
Hier die Meldung aus dem Calibration log

Code: Alles auswählen

ERROR: Mismatch in the CFITSIO_SONAME value in the fitsio.h include file
that was used to build the CFITSIO library, and the value in the include file
that was used when compiling the application program:
   Version used to build the CFITSIO library   = 2
   Version included by the application program = 5

Fix this by recompiling and then relinking this application program
with the CFITSIO library.

Ich bin nun etwas ratlos.

Viele Grüße
Christian

[pauledd]

Ich habe leider absolut NULL Plan wie man mit apt spezielle libcfitsio Version draufbekommt...
Also wie weiter oben schon steht hat bei mir die libcfitsio 3.39 geholfen.
Du könntest mal versuchen die Datei anzuschauen:

Code: Alles auswählen

find /usr/ -name fitsio.h -exec grep -e "SONAME" {} \;

Bei mir steht da

Code: Alles auswählen

#define CFITSIO_SONAME 5

und damit gings dann. Evtl. musste auch die libcfitsio Version manuell kompilieren,
also außerhalb von apt... aber das sind alles nur Vermutungen weil ich och nich soh tief in der
Materie stecke.

[schubi]

ich habe 2 Versionen der Datei fitsio.h gefunden
Variante 1: /usr/include/fitsio.h Änderungsdatum 16.Okt. 2015 mit folgendem Header

Code: Alles auswählen

#ifndef _FITSIO_H
#define _FITSIO_H

#define CFITSIO_VERSION 3.37
#define CFITSIO_MINOR 37
#define CFITSIO_MAJOR 3
#define CFITSIO_SONAME 2

Variante 2: /usr/local/include/fitsio.h mit Änderungsdatum 19.06.2017 (vermutlich selber kompiliert)
Hier der Header

Code: Alles auswählen

#ifndef _FITSIO_H
#define _FITSIO_H

#define CFITSIO_VERSION 3.41
#define CFITSIO_MINOR 41
#define CFITSIO_MAJOR 3
#define CFITSIO_SONAME 5

Kann ich einfach Variante 2 nach /usr/include kopieren ?
Greift Theli zur Laufzeit auf die Library zu oder nur während der kompilierung ?

[schubi]

Kopieren der fitsio.h version 3.41 mit dem CFITSIO_SONAME 5 und neu kompilieren brachte nichts.
Was nun ?

[pauledd]

Ich glaube einfach kopieren des einen headers geht nicht.
Da hängt noch ein schwanz anderer Dateien drann.

Oder du machst dir die Arbeit und machst ein Backup aller Dateien in /usr und kopierst wirklich
alle Dateien aus /usr/local nach /usr. Das ist aber alles andere als der richtige weg

Wenn du cfitsio selbst kompiliert hast kannst du doch auch angeben in welchem prefix die lib installiert werden soll,
also sowas wie "./configure --prefix=/usr" ... .

Oder andersrum, vieleicht kann man den include dir beim Theli setup ändern, so dasses nicht in /usr sondern in /usr/local schaut...

[schubi]

Die Library kostet Nerven.
ich habe die cfitsio mit dem --prefix=/usr kompiliert.
Die cfitsio steh dann im verueźeichnis /usr/include.
In der cfitsio.h steht auch #define CFITSIO_SONAME 5.
danach die GUI kompiliert.
Immer noch derselbe Fehler.

Wer hat noch einen Ratschlag für mich ?