Theli oder Suse Linux 12.1?

[spiegelei]

Hallo,

an dieser Stelle ein kleines "VORSICHT" von mir.

Seit ich den Schleppi auf die neue Suse 12.1/64 upgedatet habe läuft Theli nicht mehr durch. Das (hoffentlich bloss) erste Problem liegt bei create source cat, da haut plötzlich was im script create_astromcats_para.sh nicht mehr hin.

Ich versuche am WE mal, den Fehler einzukreisen, dann gibts hier entweder einen Workaround oder einen Hilfeschrei

Gruesze,
Karsten

/edit
Dabei ist mir ein kleiner "Bug" aufgefallen. Wenn ich Create Source Cat über Abort abwürge ist zwar das Häkchen an der Checkbox weg, aber wenn man nochmal auf Start drückt läuft das Script trotzdem wieder los.
/edit

[mischa]

Hi Karsten,

Wenn ich Create Source Cat über Abort abwürge ist zwar das Häkchen an der Checkbox weg, aber wenn man nochmal auf Start drückt läuft das Script trotzdem wieder los.

Solange das script noch untem im weissen 'command-window' steht, ist das so gewollt.
Man kann dort unten auch manuell zusaetzliche Kommandos reinschreiben, die werden dann ebenfalls ausgefuehrt.
Der Klick auf die Checkbox bewirkt lediglich, dass das Kommando erzeugt wird.

mischa

[spiegelei]

Hallo Mischa,

"It's not a bug, it's a feature"

So, ich hab mal ein bisschen gesucht.

Code: Alles auswählen

/home/kmueller/Software/theli//bin/Linux_64//ldacfilter -i //home/kmueller/Astro-Theli/m42/29_09_11//science/cat/M42-1-600s-11-C0_G_1OFC.cat0 -o //home/kmueller/Astro-Theli/m42/29_09_11//science/cat/M42-1-600s-11-C0_G_1OFC.cat1 -t LDAC_OBJECTS -c '(((FLAGS<=0)AND(FWHM_IMAGE>1.5))AND(FLUX_RADIUS>0.75));'

   Catalog Filter Program Version: 1.4.0 (Nov 17 2011)
Filtering catalog
ERROR(eval): Vector column number out of bounds

Ich denke, hier geht der Ärger los. Es könnte natürlich sein, dass die cat0-Dateien nicht i.O. sind, da kommt nach den Headerzeilen und dem END-Tag noch eine Menge binäres Zeugs.

Die selben Daten sind auf meiner anderen Kiste alle schon mal gelaufen.

Gruesze,
Karsten

[spiegelei]

Hallo,

ich hab jetzt mal einen .cat0, der auf Suse 11.2 durchgelaufen ist mal auf der 12.1 laufen lassen. Geht nicht, Fehler siehe oben. Wenn ich den Parameter -c '(...);' weglasse kommt

Catalog Filter Program Version: 1.4.0 (Nov 17 2011)

Speicherzugriffsfehler

Gruesze,
Karsten

[mischa]

Karsten,

kannst du mir den betreffenden Katalog mal schicken, sowie die urspruengliche, komplette Syntax?

Danke!

mischa

[spiegelei]

Hallo Mischa,

Danke für die Hilfe.
Ich habe grade noch mal zur Kontrolle ldacfilter mit der cat0 auf Suse 11.2 laufen lassen,

Code: Alles auswählen

kmueller@Indianer:~/Astro/test_theli> ldacfilter -i M42-1-600s-0-C0_B_1OFC.cat0 -o M42-1-600s-0-C0_B_1OFC.cat1 -t LDAC_OBJECTS -c '(((FLAGS<=0)AND(FWHM_IMAGE>1.5))AND(FLUX_RADIUS>0.75));'
   Catalog Filter Program Version: 1.4.0 (Oct  4 2011)
Saving catalog M42-1-600s-0-C0_B_1OFC.cat1

Alles Prima.

Allerdings kommt auch hier ohne die -c Option der Speicherzugriffsfehler.
Ich schicke Dir mal die cat0 und die Kommandozeile an Deine e-mail (mischa...bonn.de)

Gruesze,
Karsten

/edit
Die Syntax des Befehls ist so, wie ein echo 'ldacfilter....' >> log.txt der Zeile im theli-script das protokolliert hat.
/edit

[spiegelei]

Hallo,
Aktualisierung

Scheinbar tritt der Fehler in der theli/ldactools/condition.c in der Funktion eval auf bzw. kommt er hier zum Tragen. Ich kann zwar kein C aber für ein printf reicht's vielleicht noch, so dass ich an der Stelle mal ein paar Debugzeilen reinbasteln kann.

Vielleicht bring das ja ein bisschen Erleuchtung.

Gruesze,
Karsten

[spiegelei]

Hallo,
nächste Aktualisierung:

In der Funktion eval steht

col = tr->field[strlen(tr->field) +1];

Wenn ich das +1 wegnehme läuft ldacfilter wieder durch. Das scheint möglicherweise strlen nicht mehr hinzuhauen (kann sowas sein????)

Gruesze,
Karsten

[mischa]

Hallo Karsten,

vielen Dank fuer's troubleshooting. Ich habe eben selbst erst einen neuen laptop mit ubuntu 11.10 aufgesetzt und werde mir das naechste woche anschauen bzw. dem entwickler weiterreichen!

mischa

[spiegelei]

Hallo Mischa,

kein Problem. Ich mache grade mal einen Durchlauf mit M45, mal sehen, was rauskommt.

Gruesze,
Karsten

[spiegelei]

Hallo,

letzte Meldung für heute.

Mit "ohne +1" (siehe oben) ist alles wie gewohnt durchgelaufen, fragt mich nicht, warum. Irgendwelche weiteren Seiteneffekte habe ich bis jetzt noch nicht feststellen können. Es wäre möglich, dass das Weighting sich ein bisschen anders verhält als bei der 11.2er Version, das muss ich noch mal direkt vergleichen.


Gruesze,
Karsten

[spiegelei]

Hallo,

an dieser Stelle mal ein Resumee:

Suse und Theli funktioniert, mit älteren Versionen einfacher als mit neuen.

Folgende Stolpersteine gilt es zu beachten:

1, SuSE (mindestens seit der 11.2) installiert standardmäßig die QT4 libs, die QT3 muss man nachinstallieren. Da das install-script der Theli-Gui i.d.R. nur die QT4 findet, hilft ein Ersetzen des Pfades direkt im install.sh der GUI.

Code: Alles auswählen

# compile the GUI
\rm -rf Makefile makefile .obj .ui .moc
/usr/lib/qt3/bin/qmake -o Makefile theli.pro
make


2. Seit der 11.4 ist die libpng.so.3 irgendwie nicht mehr dabei, die von scamp gebraucht wird.

Ich habe unter /usr/lib64 einfach einen symlink gesetzt

Code: Alles auswählen

libpng.so.3 -> /usr/lib64/libpng12.so.0.46.0

Bis jetzt hat sich scamp noch nicht beschwert.

3. Für die aktuelle 12.1 gibt's das pyfits-paket noch nicht. Das rpm von der 11.4 geht auch.

4. Der ernsteste Fehler ist der in diesem Fred beschriebene. Das patchen des Sourcecodes ging erstmal, aber hier sind Nebenwirkungen nach wie vor nicht auszuschliessen.


Das, was hier beschrieben ist, hat bei mir funktioniert, ist aber sicherlich im Einzelfall SEHR VORSICHTIG anzuwenden.


Gruesze,
Karsten

[mischa]

hi karsten,

ich habe einen meiner computer auf 11.10 aktualisiert, und dort kann ich das problem nicht reproduzieren.
weder mit einem anderen datensatz, noch mit deinem katalog. um es noch etwas weiter einzugrenzen:
koenntest du mir dein 'ldacfilter' binary schicken?

das ganze ist mir reichlich schleierhaft, da dieses programm so seit ueber 10 jahren ohne probleme laeuft
und von ca 1000 auf allen moeglichen architekturen benutzt wird.
ich vermute, dass hier was am gcc compiler umgebaut oder verschaerft wurde, und der nun sachen abfaengt,
die sonst durchlaufen. andererseits ist das wieder unerklaerlich, da ich zumindest einmal im jahr einen testdatensatz
komplett durch "valgrind" hindurch laufen lasse (das ist ein memory-leak checker, der haut einem eigentlich alles um
die ohren was nicht sauber ist).

naja, wir werden sehen.

mischa

[spiegelei]

Hallo Mischa,

welches binary willst Du haben, das gepatchte oder das originale?
Für das Originale, unter Suse 12.1 übersetzte, muesste ich theli erst noch mal neu compilieren .

Das das Ganze sehr mysteriös ist sehe ich ebenso, da ja eine geänderte Feldindizierung auch irgendwo anders noch Auswirkungen zeigen müsste. Ob es bei den unterschiedlichen Linux-Distributionen Unterschiede bei so grundlegenden Sachen wie dem gcc gibt weiss ich nicht, kann ich mir aber kaum vorstellen.

Was ich bis jetzt noch nicht probiert habe ist, einen cat0, der auf 12.1 erzeugt worden ist, mal unter der 11.2 durch ldacfilter laufen zu lassen (bis jetzt war's andersrum). Falls es hier Probleme gibt, läge der Fehler wahrscheinlich schon vor ldacfilter. Das kann ich morgen mal ausprobieren. Wenn das gehen sollte, dann schicke ich Dir das ldacfilter-binary mal zu.

Gruesze,
Karsten

[spiegelei]

Hallo Mischa,

Update:

Eine unter Suse12.1 erzeugte cat0-Datei läuft problemlos durch ldacfilter (ungepatcht) unter Suse 11.2.

Auf Suse 11.2 läuft gcc 4.4.1, auf der 12.1 gcc 4.6.2

Mit zunehmender Ratlosigkeit grueszt
Karsten